Problem z miejscem do życia
Na początku ratowania gatunku podstawowym założeniem było zwiększenie liczebności żubrów oraz stworzenie jak największej liczby miejsc, w których mogłyby przebywać. Obecnie jest 30 stad na wolności i około 200 zamkniętych hodowli. Tylko w Europie środkowej i wschodniej przetrwały kompleksy leśne, posiadające odpowiednie warunki dla stad wolnościowych. Niestety ze względu na postępującą degradację środowiska, nadmierną eksploatację lasów i ich wycinanie zaczyna brakować miejsc, w których żubry mogą żyć w warunkach zbliżonych do naturalnych. Brak odpowiedniego środowiska do życia, brak pokarmu i wody (np. w Puszczy Białowieskiej), konkurencja innych gatunków roślinożernych to ciągłe zagrożenie dla dalszego istnienia żubrów.
Choroby
Bardzo dużym problemem są choroby bakteryjne (np. gruźlica), wirusowe oraz pasożytnicze. W 1953 roku 38 żubrów padło z powodu pryszczycy. Szczególnie niebezpieczne są nowo pojawiające się choroby o nieznanym pochodzeniu.
Bizony
Jako bliscy krewniacy żubra, stanowią potencjalne źródło chorób i pasożytów, dla nich samych mało szkodliwych, ale śmiertelnie niebezpiecznych dla żubra. Nie wykluczona jest również przypadkowa ucieczka bizona z hodowli i dołączenie do stada żubrów. Ponieważ żubr i bizon mogą się krzyżować i dawać płodne potomstwo, stanowi to bezpośrednie zagrożenie zachowania czystości genetycznej żubra.
Kłusownictwo
Zagrożeniem dla żubra było i ciągle jest kłusownictwo (niekoniecznie na żubra, ale często staje się on przypadkową ofiarą kłusowników).