Podczas II Wojny Światowej wiele europejskich ośrodków hodowli żubra uległo zniszczeniu.
We wrześniu 1939 roku do Puszczy Białowieskiej wkroczyły wojska radzieckie. Dyrekcja Parku zwróciła się z prośbą do władz sowieckich o dalszą ochronę żubra. Przychylono się do prośby i rezerwat nie poniósł większych strat.
Gdy w 1941 roku teren Puszczy zajęli Niemcy, o oszczędzenie żubra zaapelowali niemieccy naukowcy, już wcześniej bardzo zaangażowani w ratowanie tego gatunku. Niestety niemieckie władze w Białowieży nie poświęcały zbyt wielkiej uwagi temu apelowi. W rezerwacie nie prowadzono żadnych prac remontowych, a żubry żywiono paszą bardzo złej jakości. Przyczyniło się to śmierci kilku cieląt, a kilka dorosłych osobników zostało zabitych przez kłusowników.
Pod koniec wojny żubry z białowieskiego rezerwatu zostały przez Niemców wypuszczone do puszczy. Na wszelki wypadek miejscowy ruch oporu wyznaczył specjalny oddział partyzantów, który miał czuwać nad bezpieczeństwem stada podczas wycofywania się hitlerowców i ocalić żyjące jeszcze żubry.
W Polsce ocalały po wojnie 44 żubry (20 w Pszczynie, 15 w Białowieży, 5 w Niepołomicach, 4 w łódzkim Zoo). W całej Europie wojnę przeżyły 103 żubry.
Po wojnie Polska stała się światowym liderem w restytucji żubra. Przewodniczącym polskiego oddziału Międzynarodowego Towarzystwa Ochrony Żubra został dr Jan Żabiński, który równocześnie został redaktorem „Księgi Rodowodowej Żubrów”.